GroIMP wiki

english:

(descriptive tree data format)

• The dtd data format of the Grogra and GroIMP software systems is only used to read Plant structure data. The data coded in this format are usually derived from empirical images of individual branches or complete crowns or root systems. A dtd file (file name extension “.dtd”) contains only a structure, it does not show the temporal evolution.
• The prerequisite for creating a dtd file is that all growth units of the structure to be entered have names (these may be numbers, or combinations of letters, numbers and characters such as 08-15a, but must not contain spaces). These names serve as identifiers of the growth unit. Compulsory information to be provided for each growth unit (GU) is:

the name, the length (in mm), the name of the parent GU (i.e. the bearing GU at which the GU under consideration is inserting). Additional information (e. g. diameter, angle… ) are optional.

Structure of the file:

Each GU is described by a single line of the file. (Exceptions are lines with the initial character “\” (backslash), which have special functions; see below.) The order of the GU is largely arbitrary; it should only be noted that the description of an GU is to be followed by the description of its parent GU (i.e. the corresponding line must be at the bottom of the file).

A line contains the following entries one after the other (separated by spaces):

Name of the GU

L<number> (where <number> is the length of the GU in mm; the angle brackets are not included!)

#<name of mother GU>

(Only in the case of the basic GU of a branching system that does not have a parent WE is ## instead.)

Further, optional entries may follow:

A<number> Position of the insertion point (in mm distance from the base) at the mother GU (if the A specification is missing, a position at the tip is assumed)

V Extension WE of the mother GU (i. e. this has the same branching order)

R<number> Direction indication (see below)

• direction to the right (like R3)
• Direction to the left (like R7)

W<number> Branching angle in degrees (angle to nut GU)

K Marking as bud (if the option “buds are to be included” has been activated)

D<number> Diameter in mm

N<number> Needle or leaf parameter (area or dry matter)

B<number> Number of leaves (for deciduous trees)

C<number> Color index for the graphical representation

E<number> Number of internodes of the GU (for deciduous trees)

I<number> Index of the insertion node on the mother root (counted from the tip of the mother root; in deciduous trees)

. Forces interpretation of angles in relation to global coordinates (when working with compass)

P<number> Dry mass of GU without leaves (currently not interpreted by Grogra/GroIMP)

O<number> explicit specification of the branching order

J<number> explicit indication of the age of the GU (in years; important for St. John's drives)

• Lower case letters are also permitted instead of upper case letters. The Convention provides that:

Use lower case letters for estimated values, upper case letters for measured values (Grogra/GroIMP do not make any distinction, so this distinction serves only the purpose of Transparency of files. )

Comments that are not intended to be interpreted by the software may be in tip or in braces (but should always stand at the end of a line): <comment> or {comment}.

• The direction is specified with R according to an 8-sector scheme, where R1 corresponds to the direction upwards (when looking in the direction of growth of the mother axis), or (with the nut axis pointing vertically upwards) of the north direction:

• Instead of the R specification, the exact angle in degrees can also be specified with S<number>.

• Headers in dtd files (optional; only for deciduous trees):

\phyllotaxy spiral, creates spiral leaf position (alternatives: opposite, alternate)

\leaflength<number>, specification of a leaf length for all subsequent growth units with leaves (B)

\leafbreadth<number>, analogous: Specification of a leaf width

\leafarea<number>, analogous: Specification of a leaf area (parameter N)

\min_intn<number>, enforces a minimum number of internodes for each leafy growth unit; the number specified by

B specified leaves are inserted at the upper internodes\leafobject <filename> <symbol> <number> Reads graphic leaf description from L-system file, with given start symbol and step number for the L-system (for Grogra)

deutsch:

Das .dtd Format

(descriptive tree data format)

• Das dtd-Datenformat der Softwaresysteme Grogra und GroIMP dient nur zum Lesen von Pflanzenstruktur-Daten.

Die Daten, die in diesem Format computerlesbar codiert werden, stammen normalerweise aus empirischen Aufnahmen von einzelnen Ästen oder von kompletten Kronen oder Wurzelsystemen. Eine dtd-Datei (Dateinamens-Endung “.dtd”) enthält lediglich eine Struktur, es wird keine zeitliche Entwicklung dargestellt.

• Voraussetzung für die Erstellung einer dtd-Datei ist, dass sämtliche Wachstumseinheiten der einzugebenden Struktur mit Namen versehen sind (dies können Nummern sein, oder Buchstaben-, Ziffern- und Zeichenkombinationen wie z.B. 08-15a, die aber keine Leerzeichen enthalten dürfen).

Diese Namen dienen als Identifikatoren der Wachstumseinheit. Obligatorische Informationen, die für jede Wachstumseinheit (WE) anzugeben sind, sind: der Name, die Länge (in mm), der Name der Mutter-WE (d.h. der tragenden WE, an welcher die betrachtete WE inseriert). Weitere Informationen (z.B. Durchmesser, Winkel…) sind optional.

Aufbau der Datei:

Jede WE wird durch eine einzelne Zeile der Datei beschrieben. (Eine Ausnahme bilden Zeilen mit dem Anfangszeichen “\\” (backslash), die Sonderfunktionen haben; siehe unten.) Die Reihenfolge der WE ist weitgehend beliebig; es ist lediglich zu beachten, dass die Beschreibung einer WE nach der Beschreibung ihrer Mutter-WE zu erfolgen hat (dass also die entsprechende Zeile weiter unten in der Datei stehen muss).

Eine Zeile enthält nacheinander (durch Leerzeichen getrennt) folgende Einträge:

Name der WE

L<Zahl> (dabei ist <Zahl> die Länge der WE in mm; die spitzen Klammern werden nicht mitgeschrieben!)

#<Name der Mutter-WE>

(Nur im Falle der Basis-WE eines Verzweigungssystems, welche keine Mutter-WE besitzt, steht stattdessen ##.)

Weitere, optionale Einträge können folgen:

A<Zahl> Position des Insertionspunktes (in mm Abstand von der Basis) an der Mutter-WE (wenn die A-Angabe fehlt, wird eine Position an der Spitze angenommen)

V Verlängerungs-WE der Mutter-WE (d.h. diese hat die gleiche Verzweigungsordnung)

R<Zahl> Richtungsangabe (siehe unten)

• Richtung nach rechts (wie R3)
• Richtung nach links (wie R7)

W<Zahl> Verzweigungswinkel in Grad (Winkel zur Mutter-WE)

K Markierung als Knospe (wenn die Option “buds are to be included” aktiviert wurde)

D<Zahl> Durchmesser in mm

N<Zahl> Nadel- oder Blattparameter (Fläche oder Trockenmasse)

B<Zahl> Blattzahl (bei Laubbäumen)

C<Zahl> Farbindex für die graphische Darstellung

E<Zahl> Anzahl der Internodien der WE (bei Laubbäumen)

I<Zahl> Index des Insertionsknotens an der Mutter-WE (gezählt von der Spitze der Mutter-WE; bei Laubbäumen)

. erzwingt Interpretation von Winkelangaben in Relation zu globalen Koordinaten (bei Arbeit mit Kompass)

P<Zahl> Trockenmasse der WE ohne Blätter (wird z.Zt. nicht von Grogra/GroIMP interpretiert)

O<Zahl> explizite Angabe der Verzweigungsordnung

J<Zahl> explizite Angabe des Alters der WE (in Jahren; wichtig bei Johannistrieben)

• Anstelle der Großbuchstaben sind auch Kleinbuchstaben erlaubt. Es gilt die Konvention, dass Kleinbuchstaben bei geschätzten, Großbuchstaben bei gemessenen Werten verwendet werden (Grogra/GroIMP machen keinen Unterschied; diese Unterscheidung dient also lediglich der Transparenz der Dateien.)

Kommentare, die von der Software nicht interpretiert werden sollen, können in spitze oder in geschweifte Klammern eingeschlossen werden (sollten aber immer am Ende einer Zeile stehen): <Kommentar> oder {Kommentar}.

• Die Richtungsangabe mit R erfolgt nach einem 8-Sektoren-Schema, wobei R1 der Richtung nach oben entspricht (wenn man in Wuchsrichtung der Mutterachse blickt), bzw. (bei senkrecht nach oben zeigender Mutterachse) der Nordrichtung:
• Anstelle der R-Angabe kann auch der genaue Winkel in Grad mit S<Zahl> angegeben

werden.

• Kopfzeilen in dtd-Dateien (optional; nur für Laubbäume):

\phyllotaxy spiral, erzeugt spiralige Blattstellung (Alternativen: opposite, alternate)

\leaflength<Zahl>, Spezifikation einer Blattlänge für alle nachfolgenden Wachstumseinheiten mit Blättern (B)

\leafbreadth<Zahl>, analog: Spezifikation einer Blattbreite

\leafarea<Zahl>, analog: Spezifikation einer Blattfläche (Parameter N)

\min_intn<Zahl>, erzwingt eine Minimalzahl von Internodien für jede beblätterte Wachstumseinheit; die mit

B spezifizierten Blätter werden an den oberen Internodien inseriert\leafobject <Dateiname> <Symbol> <Zahl> Liest graphische Blattbeschreibung aus L-System-Datei, mit gegebenem Startsymbol und Schrittzahl für das L-System (für Grogra)